密室逃脱13的关卡设计最特别的地方在于它把解谜和剧情完美融合，每个场景都藏着意想不到的机关和线索。你需要仔细观察环境，比如墙上的画、桌上的物品，甚至地板的花纹都可能藏着关键道具。游戏里的谜题不是单纯找钥匙开门，而是需要你动脑筋组合道具、破解密码或者完成小游戏，比如拼图、数字谜题等。有些机关需要多步骤操作，比如先拿到钳子才能剪断铁丝，再用铁丝勾出藏在缝隙里的钥匙。
游戏里的道具系统设计得很巧妙，很多物品可以拆分或组合使用。比如你拿到的手杖可能只是半截，需要找到另一部分拼接才能用；而一张普通的纸片可能暗藏密码，需要和其他线索对照才能看懂。道具栏的空间有限，所以你得合理规划哪些东西先拿，哪些可以暂时放下。有些关卡还会设置干扰项，比如没用的装饰品或者重复的线索，需要你分辨哪些是真正有用的。
关卡场景之间的衔接很自然，不会让你觉得突然跳戏。比如从剧院房顶到后台的过渡，需要你解开猫头鹰标志的谜题才能进入新区域。游戏还加入了动态机关，比如旋转的齿轮、移动的吊车，这些机关往往需要你找到控制开关或者调整顺序才能触发。有些谜题需要你反复尝试，比如调整符号的位置直到图案匹配，或者按照特定顺序点击按钮。
游戏的氛围营造很到位，昏暗的灯光、诡异的音效会让你不自觉地紧张起来。时间限制不是特别严格，但如果你拖得太久，背景音乐会逐渐变得急促，提醒你加快速度。有些关卡需要你同时处理多个任务，比如一边破解密码一边留意场景变化，这种设计让解谜过程更有挑战性。游戏还隐藏了一些彩蛋关卡，比如集齐特定道具才能开启的特殊场景，里面通常有更复杂的谜题。
游戏里的线索往往环环相扣，如果卡关了不妨退后几步重新观察环境。有些谜题需要你跳出常规思维，比如把道具用在完全想不到的地方。多和场景互动，比如点击画像背后或者挪动家具，可能会发现被忽略的线索。耐心和细心是通关的关键。
